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部隊編成（2012年の基本システム）
主力部隊は5枠、援護部隊は8枠です。主力はカードの能力を総合して戦力を支え、援護はHP・移動・索敵・攻撃・命中・防御・回避・回復の担当能力を補います。
リーダーのオーダー、ポテンシャル、キャラクターの相性も部隊の性能に関わります。カード単体の戦闘力だけでなく、部隊全体で組み合わせを考えます。
- 本部レベルと部隊コストの上限を確認する。
- 主力5枠をコストの範囲内で編成し、リーダーのオーダーを選ぶ。
- 援護8枠には、それぞれの担当能力が高いカードを配置する。
- 相性・ポテンシャルと訓練施設の補正を含めた部隊性能を確認する。
対人戦・ボス戦
対人戦では敵陣営のプレイヤー部隊と戦います。ボス部隊は戦闘を進める中で出現し、発見後に弾薬を使って攻撃します。
逃走までの時間があるため、同じ陣営や連合の仲間への救援も使って撃破を目指す仕組みです。
ボス報酬には、参加やMVPによる区分があります。イベントごとの限定ボス・カード特効・報酬は、その開催期間の条件で扱います。
エリア戦
敵部隊やボス部隊との戦闘で制圧ポイントを獲得し、エリアの支配を争います。
敵陣営の本拠点を制圧すると戦争が終了します。個々の戦闘だけでなく、仲間と攻撃先を合わせて陣地を広げることが目的になります。
合成・ランクアップ（2012年の基本システム）
合成では、育てるカードへ素材カードを使って経験値を与えます。同じ兵科や同じキャラクターの素材には経験値の補正があり、昇格試験場も獲得経験値に関わります。
成長タイプには早熟・普通・晩成があります。オーダーやポテンシャルは同じ種類を持つカードとの合成で強化できます。素材カードは消費されるため、部隊に残したいカードを素材にしないよう区別します。
- 育成するカードと、消費する素材カードを選ぶ。
- 素材の兵科・キャラクター、オーダー・ポテンシャルを確認して合成する。
- 最大レベルに達したカードは、同じカード番号のカードを用意してランクアップを行う。
- ランクアップは失敗する場合があります。成功後はレベルが0に戻るため、再び合成で育成する。
後年の追加機能
2013年8月の「蒼の脅威」では、合成による兵科限界突破用のレジェンド「フェルスター」が登場しました。限界突破後は上級兵へのランクアップが可能になります。
2015年2月12日には援護兵の「アシスト」が実装されました。部隊に配置することでイベント・戦闘に効果を発揮し、SRセルベリアには獲得制圧ポイントを増やすアシストが設定されています。